Ingénieur / Ingénieure de recherche scientifique (H/F)

Mission :

L'ingénieur aura pour mission principale de définir et développer un pipeline d'analyse de données de métabarcoding pour le traitement des données générées dans le cadre du PEPR Dynabiod :

• Définir le pipeline en collaboration avec l'ingénieur responsable de l'encadrement et les autres membres du projet.
• Développer le pipeline en Nextflow en privilégiant la réutilisation de composants déjà existants (nf-core) et en apportant un soin particulier à la modularité.
• Evaluer les performances tant en terme de ressources informatiques nécessaires qu'en terme de fiabilité des résultats obtenus

Activités :

• Veille scientifique et bibliographique pour la définition du pipeline et de ces différentes étapes.
• Développer le pipeline à l'aide de Nextflow mais également, si nécessaire, des scripts de traitement pour les étapes internes du pipeline (bash, python et R)
• Documenter les développements, rédiger des tutoriaux et assurer un support technique aux utilisateurs
• Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)