Assistant ingénieur en bio-informatique - (H/F)

Description :

STRUCTURE D'ACCUEIL

Le LABORATOIRE DE SIGNALISATION DE STRESS DE L'INSERM U1242 OSS EST une structure de recherche translationnelle rassemblant des biologistes et des cliniciens pour mieux comprendre l'oncogenèse des tumeurs solides. En associant des biologistes travaillant sur les voies de signalisation du stress cancéreux et les cliniciens du cancer, le laboratoire vise à déchiffrer la façon dont les cellules tumorales s'adaptent au stress. Il est composé de 4 équipes et comprend environ 100 chercheurs, cliniciens, techniciens, post-doctorants et étudiants.

MISSION PRINCIPALE

La personne recrutée contribuera à un projet de recherche financé par l'ANR visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l'expression des ARN en réponse au stress du réticulum endoplasmique et à la réponse UPR.

ACTIVITÉS PRINCIPALES

Elle/il sera principalement chargé(e) de développer et réaliser des analyses bioinformatiques de séquences et de structures d'ARN, notamment l'identification de motifs de séquence et de structures secondaires, l'analyse de motifs d'enrichissement et l'intégration de données de séquençage. La personne recrutée interagira étroitement avec les biologistes du projet et contribuera à l'interprétation et à la présentation des résultats.

• Analyse bioinformatique de séquences d'ARN et de régions génomiques.
• Identification et caractérisation de motifs de séquence et de structures secondaires d'ARN.
• Analyses d'enrichissement et de recherche de motifs (de novo et motifs connus).
• Analyse et intégration de données de séquençage, notamment RNA-seq et séquençage long-read.
• Développement et documentation de scripts et workflows reproductibles.
• Analyse, visualisation et présentation des résultats.

SPÉCIFICITÉ(S) ET ENVIRONNEMENT DU POSTE

Être attentif à maintenir une reproductibilité et une documentation conforme aux principes FAIR

Environnement inderdisciplinaire en interaction étroite avec les biologistes cellualires

Profil recherché :

CONNAISSANCES

• Bioinformatique et analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-reads).
• Analyse de séquences, recherche de motifs et structures de l'ARN.
• Des connaissances en biologie moléculaire ou biologie de l'ARN serait un plus.

SAVOIR-FAIRE

• Programmation en R et/ou Python et/ou bash.
• Analyse de séquences et recherche de motifs (MEME, HOMER ou outils similaires).
• Analyse de structures secondaires d'ARN (ViennaRNA/RN

Afold ou outils similaires).

• Une expérience en analyse RNA-seq et/ou de données de séquençage long-read serait appréciée mais pourra être acquise au cours du projet.
• Utilisation ou connaissance des outils de contrôle de version (git).
• Maîtrise d'un environnement Linux/HPC appréciée.

APTITUDES

• Rigueur et esprit d'analyse.
• Autonomie et capacité à développer de nouvelles approches bioinformatiques.
• Curiosité scientifique et intérêt pour les approches interdisciplinaires.
• Aisance dans le travail en interaction avec des biologistes expérimentateurs.

NIVEAU DE DIPLÔME ET FORMATION(S) :

Licence, ou BUT Informatique ou Bio-Informatique avec expérience professionnelle. Master 2 débutant accepté.

PRÉCISER DANS VOTRE CV, LES ADRESSES EMAILS DE VOS RESPONSABLES DE STAGES / PRÉCÉDENTS EMPLOYEURS